Bom dia, @Daniel Simoes estava efetuando alguns testes e percebi o seguinte.
Primeiramente desliguei a flag Compress para obter o texto em plain text, após isso, fiz gravar o conteúdo do pdf em Stream sem passar pelo disco, e comecei a validação da codificação do mesmo.
Usando a função TEncoding.GetBufferEncoding retorna que o texto é ANSI, e usando a função IsUTF8String da unit System.WideStrUtils retorna que o texto é UTF8.
Retornando o texto gerado pelo FPDF para o Windows ocorre o problema dos caracteres, agora, se utilizado a função UTF8ToAnsi e retornar o texto gerado o problema dos caracteres é resolvido.
Acredito que algo no FPDF continua gerando o caracteres em UTF8 mesmo após a tua sugestão de alteração.
Não sei se te ajuda em algo, mas continuo tentando achar uma solução aqui também.