[RESOLVIDO]
Conforme minha suspeite realmente estava acontecendo sobreposição de arquivos.
O XML assinado é salvo com o número do ID do mesmo, sendo que a referida ID na sua composição recebe a data e a hora e como a geração dos mesmos é muito rápida acontecia de vários XMLs receberem o mesmo ID [ 1000000272284742018092715032100001-S-2220-0.xml ] - minha solução foi colocar um Sleep(1000), ou seja dou uma pausa no processo de um segundo entre a geração de um e outro XML.
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