Bom dia
Creio que não tem nada a ver com o certificado. Tivemos um problema igual esse. Cheguei a instalar o Lazarus no cliente e debugar por la. Mas mesmo assim não deu certo, quando iria emitir uma nota, simplesmente o ACBrMonitor travava e apagava todas as configurações do arquivo ini. Revisamos todos os logs, linha a linha e não tinha nada. No momento que travava, o log travava junto, ou seja, não era gravado nada nele.
Na ocasião era um windows 7 pro original que o cliente tinha, e mesmo com todas os updates instalados não ia. Pra resolver o problema, formatamos o computador e resolveu o problema como mágica.