Bom dia!
Note que o Soap que você anexou explica o retorno recebido.
Mensagem -> Lote aguardando processamento.
Correção -> O lote de RPS correspondente ao protocolo informado foi recebido pela Prefeitura, mas ainda não foi processado
O envio para esse provedor é síncrono, ou seja, ele já retorna o resultado do lote para você. Então o que pode ter ocorrido é ter dado alguma congestionada no web service e ele ter retornado para você essa mensagem.
Como foi dito que as notas foram autorizadas na prefeitura, sugiro que faça a consulta do lote através do número do protocolo ou a consulta por Rps para pegar o XML das notas.