Eu entendi, lendo outras respostas vindas da SEFAZ, que este "código do sistema" não necessariamente deve estar no comprovante do cartão, mas que deveríamos criar um novo comprovante, a ser impresso junto a NFCe, onde conste este código do sistema. Ou seja, o cliente receberia: NFCe + comprovante do sistema com este código + comprovante do cartão (que é mais ou menos o que é entregue qnd o cliente tem TEF).
Nesta resposta que o Fabio colocou acima, pra mim fica entendível que, numa eventual fiscalização, solicitariam para que o contribuinte mostrasse as informações registradas tão somente no sistema, sem que haja necessariamente uma ligação entre o código que o sistema gerou e o pagamento realizado.
Agora volto naquela questão que o Windel levantou... Hoje dizem que pode ser o código gerado pelo sistema e que não precisaria ter uma ligação com o pagamento, mas é algo que não me parece ter muita lógica.