Bom dia.
Descobri o problema e resolvi:
A propriedade TACBrBoleto.Configuracoes.WebService.UseCertificateHTTP nesta nova versão do ACBr, para o Sicoob V3, ela tem que ser TRUE, e por algum motivo eu estava usando esta propriedade sempre como False (peguei isso de algum exemplo ou de algum post aqui do fórum, e sempre achei que ela deveria ser setada pra false).
Como verifiquei que nessa versão nova do ..\ACBrBoleto\ACBrBoletoWS.Rest.OAuth.pas, no Constructor, há uma condição de que ela seja TRUE, percebi que antes não precisa desta propriedade estar como true para que o ArquivoKey e o ArquivoPEM fossem setados ali. Nas versões anteriroes do ACBrBoletoWS.Rest.OAuth.pas não havia a seguinte linha n. 375:
if FACBrBoleto.Configuracoes.WebService.UseCertificateHTTP then
Acho que fica até documentado para outros usuários que estiverem passando por problemas similares: antes não precisa setar essa propriedade para True (ela pode estar true ou false, que , nesta situação, tudo funcionaria corretamente). Mas nesta versão atual do ACBr, ela DEVE ser TRUE (pelo menos para o Sicoob V3, já que no Sicredi não dá problema neste ponto).
Não sei se fui claro e nem se esse relato vai ser útil, mas enfim, graças a Deus, no meu caso tá tudo resolvido. Obrigado e abraços.