Boa tarde!
Consegui contato com o Luiz Augusto, um dos mesmos da comunidade ACBr que iniciou a implantação da lib com node e linux, ele me passou que também teve problemas na implantação e optou por seguir o caminho utilizando windows.
Ainda com a colaboração dele realizei alguns testes utilizando a lib MT.
Como inicialmente o teste dele que obteve êxito foi no windows, eu segui o mesmo caminho, e funcionou normalmente.
Em seguida, utilizei o mesmo código para teste no linux, (apenas substituindo a dll pela so), e também funcionou. Não repetiu o comportamento do meu problema inicial que quebrava a aplicação logo ao executar o método NFE_Enviar.
Vou seguir utilizando a MT no linux, já que meu servidor é linux.
Obrigado.