@Victor H. Gonzales - Panda na verdade meu amigo já criei o tópico relacionado com Nfce e Sat, porque o tema principal a discutir independente dos tipos de documento fiscal são os valores nas tags de pis/cofins, como o próprio título já diz.
Cheguei no assunto do Sped, pois foi dai que apontaram o "problema" e chegamos na origem da informação(valores na Tag de pis/cofins) que seria o documento de emissão seja ele Sat ou Nfce, que são os que utilizamos em nossa rede. Enfim vou pedir maior detalhamento para a fiscalização, inclusive a legislação que atende essa "falha" que eles apontaram.
Então para resumirmos tudo vou deixar algumas questões abaixo e gostaria que me ajudassem na resposta por gentileza:
1º Para SAT ou NFCE em cst não tributáveis devo/posso informar valor de base mesmo sendo alíquota zerada ?
2º Para NFCE, se eu informar apenas a CST de pis/cofins deve ou não sair a tag com a respectiva informação ? Em meus testes notei que não é criado a tag principal do tipo do imposto com a cst informada. Esse mesmo cenário no SAT a informação sai corretamente no xml final.