Ainda não fiz o teste, de enviar somente com a segunda assinatura valida.
Eles estavam recusando com as 2 assinaturas inválidas. Nos instruíram a conferir a rotina de assinatura, e validar no site da receita antes de tentar enviar novamente.
Em um lote enviado antes da atualização o site valida as duas assinaturas.
Troquei o certificado, usando o da software house o comportamento no site da receita foi o mesmo. Experimentei assinar usando capicom com meu certificado, e as duas assinaturas ficam válidas.
Mas com o certificado do cliente não consigo usar capicom, como este foi descontinuado não insisti.