O certificado A3 como você mesmo argumentou tem um apelo comercial maior o que acaba levando a maioria dos consumidores "não tecnicos" optarem pela aquisição dele. Porém o uso do certificado envolve ou um cartão/leitora ou um token, ou seja, um dispositivo físico.
Esse é o primeiro ponto que do lado técnico dificulta a operação. Pois para o atendimento ao cliente final é necessário que seja dada manutenção na instalação da leitora, configuração, instalação de drivers e isso acaba ficando "embutido" na operação da software house, já que o cliente final normalmente não vai buscar orientação com quem vendeu o certificado e sim com quem fornece o sistema.
Na operação também é frequente o cartão ou token não estar conectado, estar com mal contato ou funcionamento incorreto. Mais um ponto de suporte para a SH.
Já o certificado A1 é instalado com alguns cliques e não é feita mais nenhuma manutenção nele. Pode ser copiado caso precise usar em mais de uma máquina (terminais e/ou servidores dentro da empresa, ou com o contador, por exemplo)
Já em relação a configuração nos sistemas realmente não seria dificil alterar entre um ou outro na teoria, porém na prática o que se observa é uma instabilidade e dificuldade maior quando se está usando o certificado A3.
Tendo tudo isso em vista, uma visão muito mais operacional e de desperdício de recursos e tempo dentro da empresa e seus setores operacionais é que sempre recomendamos o uso do certificado A1. Facilidade de instalação, uso e manutenção.