@Italo Giurizzato Junior
O suporte deles pediu o XML para analise.
Consegui um progresso, fiz o seguinte, a consulta "Consultar NFSe Serviço Prestado Por Número" esta funcionando, porem eu não sei o numero ao enviar o RPS para a prefeitura e como eles não retornam o mesmo, fizemos o seguinte:
Criamos um sequencial em nosso sistema do numero da NFS-e, ou seja, pegamos o próximo e enviamos o RPS para a prefeitura, feito isso, consultamos pelo numero de sequencial gerado, se o retorno vier com numero de NFS-e igual e código de verificação
entedemos que a NFS-e esta ok.
Desta forma conseguimos resolver o problema.