Eu homologuei em 2019, desde então venho mantendo uma versão antiga do Safra pois a versão do SVN realmente tem este problema de calcular o digito verificador. Não sei se é um problema de algumas agências pois só tenho apenas DOIS clientes com este "banco" em produção.
Quando homologuei o código do ACBR era:
Linha 113 fpTamanhoAgencia := 5;
Linha 1226 Result := PadLeft(RightStr(NossoNumero,9),9,'0');
Linha 1244 NossoNumero := PadLeft(RightStr(ACBrTitulo.NossoNumero,9),9,'0');
Com o ACBR versão do SVN o Safra não aceita os boletos e não gera rejeição, apenas não aceita. Detalhe o suporte do banco não é dos melhores.