Bom dia Marcelo,
Infelizmente não é dessa forma que a coisa funciona.
Na versão 1 do layout da ABRASF se você deseja substituir uma nota por outra e a substituída se tornar cancelada o processo é
Enviar um novo RPS com o grupo RpsSubstituido que contem o numero/serie/tipo do RPS que originou a nota que se deseja cancelar.
Desta forma o webservice vai cancelar a nota referente ao RPS informado no grupo RpsSubstituido e vai gerar uma nova nota com os dados do novo RPS.
Já na versão 2 do layout da ABRASF temos o serviço chamado SubstituirNFSe, você pode usar ele para emitir uma nova nota substituindo outra.
O método SubstituirNFSe consiste em você informar o numero da nota que deseja cancelar e o motivo do seu cancelamento (código e ou descrição) e deve-se alimentar o componente com os dados de um novo RPS que vai resultar em uma nova nota.
Desta forma o webservice vai cancelar a nota desejada e gerar uma nova nota, nota esta que vai conter a informação que ela substitui a que foi cancelada.
Infelizmente não existe um serviço onde você informe o numero de uma nota que se deseja cancelar e o numero de outra nota que se deseja ser a nota substituída da que será cancelada.