Vou relacionar algumas que considero muito importantes.
1. Procure ter no banco de dados todas as informações do documento, pois se o seu cliente vir a perder o XML, será possível gerar e assinar ele novamente com as mesmas informações e por fim executar o método Consultar para obter o protocolo de autorização e com isso deixar o XML completo, ou seja, assinado e protocolado, tornando-o desta forma um documento com validade jurídica.
2. Jamais informe o numero do documento como sendo o código do documento, a titulo de exemplo a NF-e: muitos atribuem o valor de nNF (numero da nota fiscal) a cNF (código da nota fiscal). Essas duas informações fazem parte da chave, logo não faz nenhum sentido serem iguais. Por recomendação da SEFAZ o valor de cNF tem que ser um numero aleatório. Logo devemos gerar esse numero e armazena-lo no banco de dados junto com os demais dados da nota. Outro detalhe importante o tamanho de nNF é de 9 dígitos, já o tamanho de cNF é 8, portanto quando o numero do documento atingir a casa dos 9 dígitos, como você vai passar esse numero para o código que só aceita 8 dígitos?
Todo o que foi dito acima referente a NF-e, devemos também levar em consideração aos demais Documentos Fiscais Eletrônicos.
No CT-e temos nCT (numero do Conhecimento) e cCT (código do Conhecimento), sendo que este último deve ser um numero aleatório e diferente do nCT.
No MDF-e temos nMDF (numero do Manifesto) e cMDF (código do Manifesto), mesma recomendação do CT-e.
No BP-e temos nBP (numero do Bilhete) e cBP (código do Bilhete), mesma recomendação do CT-e.
3. Prefira armazenar os XMLs no banco de dados em vez no Disco, isso evita que algum usuário apague sem quer os XMLs.
4. Para quem utiliza o certificado A1, prefira armazenar o seu conteúdo no banco de dados, pois desta forma não se faz necessário instalar o mesmo na maquina.