Bom dia,
Na minha opinião, se a houver possibilidade do recebedor fazer uma espécie de leitura on-line dos pagamentos recebidos através de uma API ou uma espécie de arquivo de retorno, com certeza, no dia seguinte à liberação do PIX, o boleto sem registro cai por terra.
Bastará gerarmos um ID (o mesmo "nosso número", que sua usa hoje no caso do boleto) , registrar esse ID no qrCode que será passado ao pagador e também registrar o ID no sistema gerenciador financeiro e depois fazer a leitura dos IDs pagos no dia.
Não vejo como como isso não venha a ser uma realidade, principalmente por dois motivos:
1) O PIX é praticamente em tempo real. Muito melhor que boletos. Já tive casos do boleto demorar 4 dias para creditar por conta de feriados;
2) O PIX não tem custo.
Abraços