Bom dia Eduardo,
Complementando o que o Luís já te passou:
O valor nCT é um numero sequencial que varia de 1 até 999.999.999, já a série varia de 001 até 999.
Quando o valor de nCT atingir o seu valor máximo ou seja 999.999.999 devemos passar para a serie seguinte, ou seja, se esta usando a serie 001 devemos ir para a serie 002 e o nCT retorna para 1, quando nCT atingir novamente o se valor máximo novamente passamos para a serie seguinte.
Dica: não deixe o usuário digitar o numero da serie e nem o numero do conhecimento (nCT), pois com certeza vai fazer kaka.
Tanto nCT quanto a serie como você notou são numero sequenciais e devem ser controlados pela a aplicação.
A sua aplicação tem que ter uma tela onde você configura o numero e serie inicial e dai por diante é por conta da aplicação.
Se a empresa é nova, ou seja, nunca emitiu um CT-e devemos considerar que a serie é 001 e o numero do conhecimento é 1.
Agora se a empresa esta trocando de aplicação é preciso saber qual é a serie e o ultimo numero do conhecimento emitido ao realizar a troca de aplicação.
Supondo que essa empresa se utiliza do programa gratuito da SEFAZ, e vai passar a utilizar a sua aplicação, no momento da troca ela estava utilizando a serie 1 e o ultimo conhecimento emitido foi de numero 150.456
A sua aplicação deve dar continuidade, ou seja, o primeiro conhecimento emitido através da sua aplicação deverá ser de numero 150.457 serie 1.
Espero que tenha ficado claro.
Mais uma informação importante:
Todo documento fiscal não importa se ele seja eletrônico ou de papel sempre vai possuir um numero e serie, ambos são sequenciais e se comportam da forma apresentada acima.