Consultamos a ANTT há algumas semanas com esta dúvida, e recebemos a seguinte explicação:
Em atenção à mensagem de V. Sª., registrada sob o protocolo nº. 4042396, informamos que esta Ouvidoria obteve os seguintes esclarecimentos da Gerência de Transporte de Passageiros Autorizados - GETAU.
Para as prestações de serviços de transporte interestadual ou intermunicipal de passageiros (sujeitos ao ICMS), é necessário que a empresa de transporte tenha Termo de Autorização de Fretamento da ANTT (transporte interestadual: TAF) ou autorização da Agência ou órgão responsável no Estado (transporte intermunicipal: NroRegEstadual); a empresa deve informar um dos campos para a emissão do documento.
Traduzindo: o Número de Registro Estadual (NroRegEstadual) deve ser usado para transportes dentro do Estado da Transportadora, e o TAF para transportes fora do Estado.