Boa tarde!
Também identificamos este problema, e de fato só acontece na tentativa de gerar Carta de Correção Eletrônica de CT-e's emitidos na versão 2.0, e temos certeza absoluta que é problema lá na SEFAZ (nosso caso também foi em SP).
Não sabemos como é o processo interno lá, então só podemos supor quando nós enviamos o conteúdo da CC-e com as tags modificadas, eles carregam o XML original da versão 2.0, fazem a substituição pelas modificações e fazem a validação em cima dos schemas, mas o erro está acontecendo porque estão usando os schemas da versão 3.0 ao invés da 2.0.
Já abrimos 2 chamados lá, um ontem, respondido ridiculamente por eles, e outro hoje cedo... mas até agora não recebemos uma resposta.
Quando tivermos uma nova resposta deles, avisaremos aqui para todos.