Bom dia Márcio,
Primeiramente, quem é obrigado a emitir o MDF-e?
Vamos ao Ajuste Sinief 15 de 2012:
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Cláusula terceira O MDF-e deverá ser emitido:
“I - pelo contribuinte emitente de CT-e de que trata o Ajuste SINIEF 09/07, de 25 de outubro de 2007, no transporte de carga fracionada, assim entendida a que corresponda a mais de um conhecimento de transporte;
II - pelo contribuinte emitente de NF-e de que trata o Ajuste SINIEF 07/05, de 30 de setembro de 2005, no transporte de bens ou mercadorias acobertadas por mais de uma NF-e, realizado em veículos próprios ou arrendados, ou mediante contratação de transportador autônomo de cargas.”;
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Cláusula décima sétima A obrigatoriedade de emissão do MDF-e será imposta aos contribuintes de acordo com o seguinte cronograma:
Nova redação dada ao inciso I da cláusula décima sétima pelo Ajuste SINIEF 10/13, efeitos a partir de 26.06.13.
I - na hipótese de contribuinte emitente do CT-e de que trata o Ajuste SINIEF 09/07, no transporte interestadual de carga fracionada, a partir das seguintes datas:
a) 2 de janeiro de 2014, para os contribuintes que prestam serviço no modal rodoviário relacionados no Anexo Único ao Ajuste SINIEF 09/07 e para os contribuintes que prestam serviço no modal aéreo;
2 de janeiro de 2014, para os contribuintes que prestam serviço no modal ferroviário;
c) 1º de julho de 2014, para os contribuintes que prestam serviço no modal rodoviário, não optantes pelo regime do Simples Nacional e para os contribuintes que prestam serviço no modal aquaviário;
d) 1º de outubro de 2014, para os contribuintes que prestam serviço no modal rodoviário optantes pelo regime do Simples Nacional;
II - na hipótese de contribuinte emitente de NF-e de que trata o Ajuste SINIEF 07/05, no transporte interestadual de bens ou mercadorias acobertadas por mais de uma NF-e, realizado em veículos próprios ou arrendados, ou mediante contratação de transportador autônomo de cargas, a partir das seguintes datas:
a) 3 de fevereiro de 2014, para os contribuintes não optantes pelo regime do Simples Nacional;
1º de outubro de 2014, para os contribuintes optantes pelo regime do Simples Nacional.
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Acredito que isso responde a sua pergunta.
Como você pode ver, não é só as transportadoras que são obrigadas a emitir o MDF-e.
Mas tudo depende da situação.