Bom dia @Hetosoft Sistemas,
Existem eventos que devemos sempre usar o nSeqEvento igual a 1, outros podemos até incrementar esse valor, como é o caso da carta de correção que pode chegar até 20.
No caso da carta de correção podemos enviar até 20 cartas sequenciadas de 1 até 20 para a mesma nota, lembrando que a carta de numero 2 anula a de numero 1, a de numero 3 anula a de numero 2 e assim por diante.
O evento eConf permite que o nSeqEvento varie de 1 até 99, eu acredito que sempre devemos usar o nSeqEvento igual a 1 e só usar o nSeqEvento igual a 2 caso a nota tenha 2 formas de pagamento.
Como é possível ter até 100 formas de pagamento, isso explica o motivo do nSeqEvento para esse tipo de evento variar de 1 a 99.